Awal berdirinya STMIK Kaputama melalui pendirian Pusat Pendidikan Pelatihan Informatika Komputer dan Kewirausahaan (P3IK) Kaputama, yang merupakan sebuah lembaga pendidikan dan pelatihan yang dibawah naungan Yayasan Pendidikan Teknologi Informasi Mutiara (YPTIM) oleh Bapak Dr. Parlindungan Purba, SH., MM., (alm) dr. Maria Betty Sitanggang,SpK-K., Drs. Irwanto Tampubolon, M.Pd. dan Dra. Veronika Sitanggang, M.Psi. Kaputama merupakan singkatan dari Karya Putra Utama.
STMIK Kaputama mendapat izin operasional dari Menteri Pendidikan Nasional RI dengan No. 09/D/O/2003 tanggal 31 Januari 2003 untuk mengelola program pendidikan Diploma 3 (D3) dan Strata 1 (S1) dengan jumlah program studi sebanyak 5 (lima) yaitu; Diploma 3: Manajemen Informatika, Komputerisasi Akuntansi dan Teknik Informatika, Strata 1 : Sistem Informasi dan Teknik Informatika.
Dalam perjalanannya terus membenahi diri untuk menjadi institusi yang unggul khususnya dalam bidang informatika dan komputer, dengan melaksanakan penerapan kurikulum pendidikan yang up to date yang sesuai dengan kebutuhan dunia kerja, melaksanakan proses belajar mengajar yang bermutu, mengadakan kerjasama dengan perguruan tinggi dan dunia industri, memberikan beasiswa kepada dosen untuk mengikuti program pendidikan S2 dan S3.
STMIK Kaputama telah terakreditasi AIPT dengan nilai B oleh BAN-PT No:206/SK/BAN-PT/Akred/PT/2019, dan program studi Sistem Informasi telah Terakreditasi B oleh BAN-PT No:190/SK/BAN-PT/Akred/S/I/2018, Teknik Informatika telah Terakreditasi B oleh BAN-PT No:0908/SK/BAN-PT/Akred/S/VI/2016, Komputerisasi Akuntansi telah Terakreditasi B oleh BAN-PT No:2389/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/Dipl-III/IV/2020, Manajemen Informatika telah Terakreditasi B oleh BAN-PT No:3534/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/Dpl-III/VI/2020.
Pada tahun akademik 2018/2019 telah melaksanakan kurikulum yang mengacu kepada KKNI untuk mahasiswa baru dan Kurikulum Berbasis Kompetensi (Kurikulum 2013) untuk mahasiswa lama.